Disponibilidade de protocolos, métodos e software de pesquisa
Introdução
A inclusão de requisitos sobre a disponibilidade de protocolos e métodos de investigação é uma boa prática de ciência aberta, que as revistas Diamond OA devem considerar nas suas políticas. As revistas e editoras Diamond OA devem incentivar os autores a partilhar esses elementos em repositórios públicos e a utilizar identificadores persistentes para estabelecer as conexões relevantes entre os artigos e outros resultados de investigação. Isso facilita a replicação e ampliação dos trabalhos publicados.
Para promover a reprodutibilidade e a FAIRização da investigação, as revistas e editoras Diamond OA devem incentivar o uso de software livre/código aberto. Também devem definir uma política sobre a disponibilidade de software de investigação e pedir aos autores uma declaração sobre a disponibilidade do software.
Desenvolvimento
Um Protocolo de Investigação (Research Protocol) ié um documento detalhado preparado antes da realização de um estudo, muitas vezes como parte das candidaturas a financiamentos ou aprovação ética. Ele inclui informações sobre o contexto, a justificação e os objetivos do estudo, assim como as hipóteses, refletindo as expectativas dos investigadores e um "manual" para conduzir o estudo, com detalhes metodológicos e planos de análise claros (FORRT - Framework for Open and Reproducible Research Training Glossary). Os protocolos de investigação são partilhados publicamente para atrair novos colaboradores ou facilitar colaborações eficientes entre laboratórios (e.g. https://www.protocols.io/). Em áreas como a medicina e a educação, os protocolos são muitas vezes considerados um tipo de artigo independente, adequado para publicação.
Disponibilidade, reconhecimento e citação de software
“Nos últimos anos, muitos avanços científicos, como a protein structure prediction problem , foram possíveis graças à disponibilidade de fontes de dados abrangentes e powerful software tools para representação, análise de dados e modelagem.” (Chan Zuckerberg Initiative Science, 2022). No entanto, o software geralmente não é citado formalmente em publicações científicas. Na melhor das hipóteses, é mencionado na secção de métodos de um artigo ou através das dependências do código de investigação depositado pelos autores. "O software é uma parte crucial da investigação moderna, e, no entanto, há pouco suporte no ecossistema académico para o seu reconhecimento e citação” (Smith et al, 2016).
A disponibilidade de software é essencial para a reprodutibilidade científica — a capacidade de replicar os resultados publicados, executando a mesma ferramenta computacional nos dados gerados pelo estudo (Brito et al, 2020). Além disso, existe uma correlação entre o uso de software livre/código aberto, a citação de software e a retratação de artigos. Erros na análise de dados ou uso inadequado de software são razões comuns para correções científicas e retratações de artigos. Um estudo descobriu que "artigos retratados usam menos software de código aberto, dificultando a reprodutibilidade e o controlo de qualidade" (Schindler et al.,2023).
Medidas para garantir a reprodutibilidade dos resultados
As revistas e editoras Diamond OA podem melhorar a reprodutibilidade incentivando o Acesso Aberto ao software de investigação, fluxos de trabalho, algoritmos, modelos, cadernos eletrónicos e outros elementos necessários para a reutilização ou validação das conclusões de um artigo e a validação e reutilização de dados de investigação. "A reprodutibilidade dos resultados aumenta a eficiência da investigação e inovação (uso mais amplo de resultados de investigação); limita o desperdício de recursos (menos duplicação e menos bases falsas); e aumenta a qualidade e fiabilidade da investigação, resultando num aumento da confiança dos cidadãos na ciência" (Horizon Europe Programme Guide)
Sugestões:
- As revistas e editoras Diamond OA devem pedir aos autores que especifiquem como garantirão uma análise estatística robusta e replicável (tamanho da amostra, técnicas experimentais robustas, software livre, etc.) e devem incluir disposições para validar, demonstrar, interoperabilizar, escalar e replicar os resultados das suas atividades de investigação. Os autores devem fornecer informações sobre os resultados/ferramentas/instrumentos necessários para validar as conclusões científicas ou para validar/reutilizar os dados de investigação.
- As revistas e editores Diamond OA devem considerar a inclusão do seguinte parágrafo de padrões de relatórios em suas políticas: “[Título da revista] está comprometido em servir a comunidade de pesquisa, garantindo que todos os artigos incluam informações suficientes para permitir que outros reproduzam o trabalho. Um manuscrito submetido deve conter detalhes e referências suficientes para permitir que os revisores e, posteriormente, os leitores verifiquem as afirmações nele apresentadas - por exemplo, fornecer detalhes completos dos métodos utilizados, incluindo prazos, etc. Os autores são obrigados a rever os padrões disponíveis para muitas aplicações de pesquisa da Equator Network e usar aqueles que são relevantes para as aplicações de pesquisa relatadas. A apresentação deliberada de alegações falsas é uma violação dos padrões éticos.”
- Quando aplicável, os autores devem ser solicitados a depositar descrições passo a passo dos seus protocolos em protocols.io e incluir o DOI persistente na seção Métodos do manuscrito.
- Quando aplicável, os autores devem ser solicitados a enviar seus códigos/scripts/modelos científicos abertamente num repositório de código.
- Revistas e editores Diamond OA devem considerar o software um produto de pesquisa legítimo e citável. As citações de software devem ser exigidas da mesma forma que as citações de outros produtos de pesquisa, como publicações e dados: os autores devem ser solicitados a incluí-los na lista de referências de um artigo de revista.
- TOP guidelines (Transparency and Openness Promotion) Transparência e Promoção de Abertura incluem oito padrões modulares: 1) Padrões de citação, 2) Transparência de dados, 3) Transparência de métodos analíticos (código), 4) Transparência de materiais de pesquisa, 5) Transparência de design e análise, 6) Pré-registro de estudo, 7) Análise pré-registro do plano, e 8) Replicação, cada um com três níveis de rigor crescente: Divulgação – o artigo deve divulgar se os materiais estão ou não disponíveis; Requisito – o artigo deve compartilhar materiais quando possível; Verificação – terceiros devem verificar se o padrão é respeitado. Revistas e editores Diamond OA devem selecionar quais dos oito padrões de transparência desejam implementar para transparência e reprodutibilidade na pesquisa publicada e selecionar um nível de implementação para cada um. Esses recursos proporcionam flexibilidade para adoção dependendo da variação disciplinar, mas ao mesmo tempo estabelecem padrões comunitários. As políticas das revistas e editores podem ser avaliadas com base no grau em que cumprem as Diretrizes TOP - fator TOP, que é uma métrica que relata as etapas que uma revista ou editor realiza para implementar práticas de ciência abertas.
Artigos do conjunto de ferramentas relacionados
Diretrizes relacionadas
Referências
- Brito, j., Li, J., Moore, J., Greene, C., Nogoy, N., Garmire, L., Mangul, S. (2020). ‘Recommendations to enhance rigor and reproducibility in biomedical research’. GigaScience, Volume 9, Issue 6, giaa056, https://doi.org/10.1093/gigascience/giaa056
- Chan Zuckerberg Initiative Science. (2022). New data reveals the hidden impact of open source in science. https://medium.com/czi-technology/new-data-reveals-the-hidden-impact-of-open-source-in-science-11cc4a16fea2
- Equator Network. https://www.equator-network.org/
- European Commission. Horizon Europe Programme Guide https://ec.europa.eu/info/funding-tenders/opportunities/docs/2021-2027/horizon/guidance/programme-guide_horizon_en.pdf
- Framework for Open and Reproducible Research Training (FORRT). Research Protocol. https://forrt.org/glossary/research-protocol/
- Jumper, J., Evans, R., Pritzel, A. et al. (2021). ‘Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold’. Nature 596, 583–589. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2
- Parsons, S., Azevedo, F., Elsherif, M. M., Guay, S., Shahim, O. N., Govaart, G. H., … & Aczel, B. (2022). ‘A Community-Sourced Glossary of Open Scholarship Terms’. Nature human behaviour, 6(3), 312-318. https://doi.org/10.1038/s41562-021-01269-4
- Protocols. Io, https://www.protocols.io
- Schindler, D., Yan, E., Spors, S., Krüger, F. (2023). ‘Retracted articles use less free and open-source software and cite it worse’. Quantitative Science Studies. https://doi.org/10.1162/qss_a_00275
- Smith A.M., Katz D.S., Niemeyer K.E., FORCE11 Software Citation Working Group. (2016). Software citation principles. PeerJ Computer Science 2:e86 https://doi.org/10.7717/peerj-cs.86
- TOP Guidelines https://www.cos.io/initiatives/top-guidelines
Leitura complementar
- Consortium of the DIAMAS project. (2024). The Diamond OA Standard (DOAS). Zenodo. https://zenodo.org/doi/10.5281/zenodo.12179619
- PLOS. Published peer-reviewed protocols. https://plos.org/protocols
- PLOS. Open Methods. https://plos.org/open-science/open-methods
- PLOS. Open Code. https://plos.org/open-science/open-code
Licenciamento
Este documento está licenciado ao abrigo de uma Creative Commons Attribution 4.0 International License