Disponibilidad de protocolos, métodos y software de investigación

/ Mié, 31/07/2024 - 13:26

Introducción

Es una buena práctica de ciencia abierta incluir requisitos sobre la disponibilidad de protocolos y métodos de investigación en las políticas de las revistas Diamond OA. Las revistas y editores de Diamond OA deben alentar a los autores a compartirlos en repositorios públicos y a utilizar identificadores persistentes para establecer las conexiones pertinentes entre los artículos y otros resultados de la investigación. Esto facilitará la replicación y el desarrollo de los trabajos publicados.

Para facilitar la reproducibilidad y la unificación de la investigación, las revistas y editores de Diamond OA deberían considerar la posibilidad de fomentar el uso de software libre/de código abierto. Las revistas y editoriales de Diamond OA deben definir una política sobre la disponibilidad del software de investigación y solicitar a los autores una declaración sobre la disponibilidad del software.

Cuerpo

Un protocolo de investigación es un documento detallado preparado antes de realizar un estudio, a menudo redactado como parte de las solicitudes de ética y financiación, que incluye información relacionada con los antecedentes, la justificación y los objetivos del estudio, así como las hipótesis que reflejan las expectativas de los investigadores y una «receta» para realizar el estudio, que incluye detalles metodológicos y planes de análisis claros (FORRT - Framework for Open and Reproducible Research Training Glossary). Los protocolos de investigación se comparten públicamente para atraer a nuevos colaboradores o facilitar una colaboración eficiente entre los laboratorios (por ejemplo, https://www.protocols.io/). En los campos médico y educativo, los protocolos suelen ser un tipo de artículo independiente adecuado para su publicación en revistas.

Disponibilidad del software, su reconocimiento y citación

«Algunos de los avances científicos más importantes de la última década, como la solución al problema de protein structure prediction problem, fueron posibles gracias a la disponibilidad de fuentes de datos ricas y completas y de powerful software tools de software para la representación y el análisis de datos, la computación numérica y la modelización». (Ciencia de la Iniciativa Chan Zuckerberg, 2022). Sin embargo, el software no suele citarse formalmente en las publicaciones científicas. En el mejor de los casos, se menciona en la sección de métodos de un artículo o se puede identificar a través de las dependencias del código de investigación depositado por los autores. «El software es una parte fundamental de la investigación moderna y, sin embargo, hay poco apoyo en el ecosistema académico para reconocerlo y citarlo». (Smith y otros, 2016).

La disponibilidad del software es esencial para la reproducibilidad científica: la capacidad de replicar los hallazgos publicados mediante la ejecución de la misma herramienta computacional en los datos generados por el estudio (Brito et al, 2020)). Además, existe una correlación entre el uso de software libre y de código abierto, las citas de software y las retractaciones de artículos. Los errores en el procesamiento de los datos y el cálculo de los resultados, los errores de software o el uso indebido son motivos habituales de autocorrección científica y de retractaciones de artículos. El estudio encontró que «los artículos retractados utilizan menos software libre y de código abierto, lo que dificulta la reproducibilidad de la investigación y el control de calidad. Además, estas diferencias también están presentes en lo que respecta a las citas de software, ya que los artículos retractados siguen con menos frecuencia las pautas de citación de software en relación con el software libre y de código abierto». (Schindler y otros, 2023).

Medidas para garantizar la reproducibilidad de los resultados

Las revistas y editores de Diamond OA pueden mejorar la reproducibilidad de los resultados de la investigación al fomentar el acceso abierto al software de investigación, los flujos de trabajo, los algoritmos, los protocolos, los modelos, los flujos de trabajo, los cuadernos electrónicos y otros, necesarios para la reutilización o validación de las conclusiones del artículo y la validación y reutilización de los datos de investigación. «La reproducibilidad de algunos o todos los resultados es importante, ya que aumenta el rendimiento de la investigación y la innovación (un uso más amplio de los resultados de la investigación); limita el despilfarro de recursos (menos duplicaciones y menos bases de referencia falsas); aumenta la calidad y la fiabilidad de la investigación (métodos, controles e informes más sólidos) y, como resultado, puede aumentar la confianza de los ciudadanos en la ciencia». (Horizon Europe Programme Guide)

Consejos

Las directrices de las revistas y editores de Diamond OA para los autores deberían pedirles que especifiquen cómo van a garantizar un análisis estadístico sólido que pueda repetirse (poder de la muestra, técnicas experimentales sólidas, software abierto,...) y tomar medidas para validar, demostrar, hacer interoperables, ampliar y, en general, hacer replicables los resultados de sus actividades de I+D. Se debe pedir a los autores que proporcionen información sobre los resultados, herramientas e instrumentos de investigación necesarios para validar las conclusiones de las publicaciones científicas o para validar/reutilizar los datos de la investigación.
Las revistas y editores de Diamond OA deberían considerar la posibilidad de incluir el siguiente párrafo sobre las normas de presentación de informes en sus políticas de revistas: «[Título de la revista] se compromete a servir a la comunidad investigadora garantizando que todos los artículos incluyan suficiente información para permitir que otros puedan reproducir el trabajo. El manuscrito presentado debe contener suficientes detalles y referencias para permitir a los revisores y, posteriormente, a los lectores verificar las afirmaciones presentadas en él, por ejemplo, proporcionar detalles completos de los métodos utilizados, incluidos los plazos, etc. Los autores deben revisar los estándares disponibles para muchas aplicaciones de investigación de Equator Network y utilizar aquellos que sean relevantes para las solicitudes de investigación informadas. La presentación deliberada de afirmaciones falsas constituye una violación de las normas éticas».
Cuando corresponda, se debe pedir a los autores que depositen descripciones paso a paso de sus protocolos en protocols.io y que incluyan el DOI persistente en la sección de Métodos del manuscrito.
Cuando proceda, se debe pedir a los autores que suban sus códigos, guiones o modelos científicos de forma abierta en un repositorio de código.
Las revistas y editores de Diamond OA deben considerar el software como un producto de investigación legítimo y citable. Las citas de software deben exigirse del mismo modo que las citas de otros productos de investigación, como publicaciones y datos: se debe pedir a los autores que las incluyan en la lista de referencias de un artículo de revista.
TOP guidelines (promoción de la transparencia y la apertura) incluyen ocho estándares modulares: 1) estándares de citación, 2) transparencia de los datos, 3) transparencia de los métodos analíticos (código), 4) transparencia de los materiales de investigación, 5) transparencia del diseño y el análisis, 6) preregistro de estudios, 7) pre registro del plan de análisis y 8) Replicación, cada uno con tres niveles de rigor creciente: divulgación: el artículo debe revelar si los materiales están disponibles o no; requisito: el artículo debe compartir materiales cuando sea posible; Verificación: un tercero debe verificar que el se cumple el estándar. Las revistas y editores de Diamond OA deben seleccionar cuáles de los ocho estándares de transparencia desean implementar para garantizar la transparencia y la reproducibilidad de las investigaciones publicadas y seleccionar un nivel de implementación para cada uno de ellos. Estas características brindan flexibilidad para la adopción en función de las variaciones disciplinarias, pero al mismo tiempo establecen estándares comunitarios. Las políticas de las revistas y las editoriales se pueden evaluar en función del grado en que cumplen con las directrices TOP (factor TOP), que es una métrica que informa de las medidas que una revista o editorial está tomando para implementar prácticas de ciencia abierta.

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Prácticas de ciencia abierta

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Referencias

Brito, j., Li, J., Moore, J., Greene, C., Nogoy, N., Garmire, L., Mangul, S. (2020). ‘Recommendations to enhance rigor and reproducibility in biomedical research’. GigaScience, Volume 9, Issue 6, giaa056, https://doi.org/10.1093/gigascience/giaa056
Chan Zuckerberg Initiative Science. (2022). New data reveals the hidden impact of open source in science. https://medium.com/czi-technology/new-data-reveals-the-hidden-impact-of-open-source-in-science-11cc4a16fea2
Equator Network. https://www.equator-network.org/
European Commission. Horizon Europe Programme Guide https://ec.europa.eu/info/funding-tenders/opportunities/docs/2021-2027/horizon/guidance/programme-guide_horizon_en.pdf
Framework for Open and Reproducible Research Training (FORRT). Research Protocol. https://forrt.org/glossary/research-protocol/
Jumper, J., Evans, R., Pritzel, A. et al. (2021). ‘Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold’. Nature 596, 583–589. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2
Parsons, S., Azevedo, F., Elsherif, M. M., Guay, S., Shahim, O. N., Govaart, G. H., … & Aczel, B. (2022). ‘A Community-Sourced Glossary of Open Scholarship Terms’. Nature human behaviour, 6(3), 312-318. https://doi.org/10.1038/s41562-021-01269-4
Protocols. Io, https://www.protocols.io
Schindler, D., Yan, E., Spors, S., Krüger, F. (2023). ‘Retracted articles use less free and open-source software and cite it worse’. Quantitative Science Studies. https://doi.org/10.1162/qss_a_00275
Smith A.M., Katz D.S., Niemeyer K.E., FORCE11 Software Citation Working Group. (2016). Software citation principles. PeerJ Computer Science 2:e86 https://doi.org/10.7717/peerj-cs.86
TOP Guidelines https://www.cos.io/initiatives/top-guidelines