Dostupnost istraživačkih protokola, metoda i softvera

/ sri, 07/31/2024 - 13:26

Uvod

Uključivanje traženja informacija o dostupnosti istraživačkih protokola i metoda u politike časopisa u dijamantnom otvorenom pristupu primjer je dobre prakse otvorene znanosti. Časopisi i izdavači u području dijamantnog otvorenog pristupa trebali bi poticati autore na njihovo dijeljenje u javnim repozitorijima i na korištenje trajnih identifikatora za uspostavljanje relevantnih veza između članaka i drugih rezultata istraživanja. To će olakšati replikaciju i nadogradnju objavljenog rada.

Kako bi se omogućila reproducibilnost i “FAIRifikacija” istraživanja (usklađivanje s Findable, Accessible, Interoperable, Reusable, FAIR principima), časopisi i izdavači u području dijamantnog otvorenog pristupa trebali bi razmotriti poticanje korištenja besplatnog softvera i/ili softvera otvorenog koda. Časopisi i izdavači u području dijamantnog otvorenog pristupa trebali bi definirati politiku dostupnosti istraživačkog softvera i zatražiti od autora izjavu o dostupnosti softvera.

Razrada

Istraživački protokol detaljan je dokument pripremljen prije provedbe istraživanja. Često je napisan kao dio etičke ili projektne prijave, koji uključuje informacije vezane uz pozadinu, obrazloženje i ciljeve istraživanja, kao i hipoteze koje odražavaju očekivanja istraživača i "recept" za provođenje studije, uključujući metodološke detalje i jasne planove analize (Rječnik Okvira za otvoreno i ponovljivo istraživanje - Framework for Open and Reproducible Research Glossary, FORRT). Istraživački protokoli javno se dijele zbog privlačenja novih suradnika ili omogućivanja učinkovite suradnje među laboratorijima (npr. https://www.protocols.io/). U medicinskim i obrazovnim područjima protokoli su često zasebna vrsta članka pogodna za objavljivanje u časopisima.

Dostupnost softvera, njegovo navođenje i citiranje

"Neka od najvažnijih znanstvenih otkrića posljednjeg desetljeća, poput rješenja za problem predviđanja strukture proteina, omogućena su zbog dostupnosti bogatih i sveobuhvatnih izvora podataka i snažnih softverskih alata za prikaz i analizu podataka, numeričko računanje i modeliranje." (Chan Zuckerberg Initiative Science, 2022.). Ipak, softver se najčešće formalno ne citira u znanstvenim publikacijama. U najboljem slučaju se ili spominje u odjeljku o metodama, ili se može identificirati ovisno o istraživačkom kodu koji su autori pohranili. "Softver je kritičan dio modernog istraživanja, a ipak postoji mala podrška u znanstvenom ekosustavu za njegovo navođenje i citiranje." (Smith i sur., 2016.).

Dostupnost softvera ključna je za reproducibilnost znanstvenog istraživanja - sposobnost repliciranja objavljenih rezultata korištenjem istog računalnog alata na podacima stvorenim u istraživanju (Brito i sur., 2020.). Osim toga, postoji povezanost između korištenja besplatnog softvera i softvera otvorenog koda, citiranja softvera i opozivanja članaka. Pogreške u obradi podataka i izračunavanju rezultata, softverske pogreške ili zloporaba, uobičajeni su razlozi znanstvenog samoispravljanja i povlačenja članaka. Studija je otkrila da "opozvani članci koriste manje besplatnih softvera i softvera otvorenog koda, što ometa mogućnost ponavljanja istraživanja i kontrolu kvalitete. Štoviše, takve su razlike prisutne i u pogledu citiranja softvera, gdje opozvani članci rjeđe slijede upute za citiranje besplatnog softvera i softvera otvorenog koda." (Schindler i sur., 2023.).

Mjere za osiguravanje reproducibilnosti rezultata

Časopisi i izdavači dijamantnog otvorenog pristupa mogu povećati reproducibilnost rezultata istraživanja poticanjem otvorenog pristupa istraživačkom softveru, radnim procesima, algoritmima, protokolima, modelima, elektroničkim bilježnicama i drugome - potrebnom za ponovnu uporabu ili validaciju zaključaka članka te provjeru i ponovnu upotrebu istraživačkih podataka. "Reproducibilnost nekih ili svih rezultata važna je jer povećava uspješnost istraživanja i inovacija (šire korištenje rezultata istraživanja), ograničava gubitak resursa (manje dupliciranja i manje lažnih polazišta); povećava kvalitetu i pouzdanost istraživanja (jače metode, kontrole i izvještavanje) i, kao rezultat toga, može povećati povjerenje građana u znanost." (Vodič za program Obzor Europa)

Savjeti:

Upute za autore časopisa i izdavača dijamantnog otvorenog pristupa trebale bi od njih tražiti obrazloženje kako će osigurati snažnu statističku analizu koja se može ponavljati (snaga uzorka, robusne eksperimentalne tehnike, otvoreni softver, ...) i osigurati mogućnost provjere valjanosti, demonstraciju, osigurati interoperabilnost, proširiti i općenito učiniti rezultate svojih aktivnosti istraživanja i inovacija ponovljivima. Autori bi trebali podastrijeti informacije o rezultatima istraživanja/alatima/instrumentima potrebnim za potvrdu zaključaka znanstvenih publikacija ili za potvrdu/ponovnu upotrebu istraživačkih podataka.
Časopisi i izdavači dijamantnog otvorenog pristupa trebali bi razmisliti o uključivanju paragrafa o standardima izvještavanja u svoje politike časopisa: “[Naslov časopisa] nastoji istraživačkoj zajednici osigurati dovoljno informacija za reprodukciju rezultata istraživanja u svakom objavljenom članku. Predani rukopis treba sadržavati dovoljno pojedinosti i referenci kako bi se recenzentima i, naknadno, čitateljima omogućilo provjeravanje tvrdnji iznesenih u njemu - npr. osigurati detaljan opis korištenih metoda, uključujući vremenske okvire, itd. Autori su dužni pregledati standarde dostupne za mnoge vrste istraživanja iz mreže Equator Network i koristiti one koji su relevantni za istraživanje o kojem se izvještava. Namjerno iznošenje lažnih tvrdnji predstavlja kršenje etičkih standarda.”
Gdje je primjenjivo, autore treba zamoliti da pohrane detaljne opise svojih protokola na protocols.io i da uključe trajne DOI (Digital Object Identifier) oznake u odjeljku Metode u svom rukopisu.
Gdje je primjenjivo, autore treba zamoliti da učitaju svoj znanstveni kod/program/model u otvorene repozitorije kodova.
Časopisi i izdavači dijamantnog otvorenog pristupa trebali bi softver smatrati legitimnim rezultatom istraživanja kojeg bi trebalo moći citirati. Navođenje softvera treba zahtijevati na isti način kao i navođenje drugih istraživačkih rezultata kao što su publikacije i podaci: autori ih trebaju uvrstiti u popis referenci članka u časopisu.
Smjernice za promicanje transparentnosti i otvorenosti (Transparency and Openness Promotion, TOP) uključuju osam modularnih standarda: 1) Standardi citiranja, 2) Transparentnost podataka, 3) Transparentnost analitičkih metoda (kod), 4) Transparentnost istraživačkih materijala, 5) Transparentnost dizajna i analize, 6) Predregistracija studije, 7) Predregistracija plana analize i 8) Replikacija, svaka s tri razine povećanja strogosti: Razotkrivanje – članak mora otkriti jesu li materijali dostupni ili ne; Zahtjev – članak mora dijeliti materijale kada je to moguće; Provjera – treća strana mora potvrditi je li standard zadovoljen. Časopisi i izdavači dijamantnog otvorenog pristupa trebaju odabrati koji od osam standarda transparentnosti žele implementirati za transparentnost i reproducubilnost u objavljenim istraživanjima i odabrati razinu implementacije za svaki. Ove značajke osiguravaju fleksibilnost za usvajanje ovisno o disciplinarnim varijacijama, ali istovremeno uspostavljaju standarde zajednice. Politike časopisa i izdavača mogu se ocijeniti na temelju stupnja do kojeg su usklađeni s TOP smjernicama - TOP faktorom, što je metrijski pokazatelj koji izvještava o koracima koje časopis ili izdavač poduzimaju kako bi implementirali prakse otvorene znanosti.

Povezani toolsuite članci

Prakse otvorene znanosti

Povezane Smjernice

Literatura

Brito, j., Li, J., Moore, J., Greene, C., Nogoy, N., Garmire, L., Mangul, S. (2020). ‘Recommendations to enhance rigor and reproducibility in biomedical research’. GigaScience, Volume 9, Issue 6, giaa056, https://doi.org/10.1093/gigascience/giaa056
Chan Zuckerberg Initiative Science. (2022). New data reveals the hidden impact of open source in science. https://medium.com/czi-technology/new-data-reveals-the-hidden-impact-of-open-source-in-science-11cc4a16fea2
Equator Network. https://www.equator-network.org/
European Commission. Horizon Europe Programme Guide https://ec.europa.eu/info/funding-tenders/opportunities/docs/2021-2027/horizon/guidance/programme-guide_horizon_en.pdf
Framework for Open and Reproducible Research Training (FORRT). Research Protocol. https://forrt.org/glossary/research-protocol/
Jumper, J., Evans, R., Pritzel, A. et al. (2021). ‘Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold’. Nature 596, 583–589. https://doi.org/10.1038/s41586-021-03819-2
Parsons, S., Azevedo, F., Elsherif, M. M., Guay, S., Shahim, O. N., Govaart, G. H., … & Aczel, B. (2022). ‘A Community-Sourced Glossary of Open Scholarship Terms’. Nature human behaviour, 6(3), 312-318. https://doi.org/10.1038/s41562-021-01269-4
Protocols. Io, https://www.protocols.io
Schindler, D., Yan, E., Spors, S., Krüger, F. (2023). ‘Retracted articles use less free and open-source software and cite it worse’. Quantitative Science Studies. https://doi.org/10.1162/qss_a_00275
Smith A.M., Katz D.S., Niemeyer K.E., FORCE11 Software Citation Working Group. (2016). Software citation principles. PeerJ Computer Science 2:e86 https://doi.org/10.7717/peerj-cs.86
TOP Guidelines https://www.cos.io/initiatives/top-guidelines